Após esse acontecimento as vidas de John, Sam e Dean mudam radicalmente. Em busca de vingança, o trio parte em busca do que tenha levado Mary e assim, seu trabalho não oficial passa a ser o extermínio dessas "coisas" que infestam a Terra.

Vários anos se passam até que os membros da família Winchester separam-se. Cansado dessa vida bizarra, Sam, decide ir para a faculdade e levar uma vida “normal”, após uma discussão violenta com o seu pai. Enquanto isso, John e Dean continuam a caçar criaturas do mal.

Três anos mais tarde, a mesma coisa que matou a mãe de Sam e Dean, há 22 anos, retorna e faz com que Jess (namorada de Sam) tenha o mesmo fim trágico de Mary. Somada com o desaparecimento de seu pai, a dor da perda de Jess faz com que Sam se junte a Dean novamente. Desde então, ambos rodam as estradas em um Chevy Impala 1967 por todo os Estados Unidos, caçando tudo que fosse de sobrenatural possivel. Munidos de meios tecnológicos, armas com sal e um velho diário de seu pai, que pode dar muitas pistas de seu paradeiro.

No fim da primeira temporada Sam e Dean finalmente encontram seu pai e descobrem mais sobre o que matou Mary e Jess. Foi o "demônio de olhos amarelos" (como é chamado na série),que tem planos de provocar uma guerra entre os seres do mal e os humanos.

John está obcecado em matar o demônio com a Colt (uma arma, que segundo lendas, consegue matar qualquer coisa) e os três entram em confronto com o vilão nos últimos momentos da primeira temporada.

A segunda temporada começa com Dean à beira da morte e Sam lutando para salvar o irmão. Quando John percebe que seu caçula não obteve sucesso, faz um acordo com o demônio. Troca a Colt e sua vida pela vida de Dean. Antes de morrer John sussurra no ouvido de Dean algo impossível de escutar. Os episódios seguintes mostram a dor dos dois irmãos por terem perdido o pai e especialmente o sofrimento de Dean, que acredita que ele deveria estar morto no lugar do pai.

Alguns episódios depois descobre-se o que John disse para Dean no dia de sua morte. John avisou a Dean que ele um dia poderia ter que matar o própio irmão. A partir desse momento descobrimos que o demônio tem planos especiais para Sam. Explica-se que existem certas "crianças especiais", todas nascidas no mesmo dia, com habilidades especiais e que de um dia para o outro poderiam mudar de lado e lutar pelo mal.